Mise au point de la quantification de grands taxons bactériens par qPCR, pour un suivi dans le temps de la biodiversité bactérienne de sols pollués au Pb et traités par phyto-remédiation

La phyto-remédiation est une technique de dépollution des sols qui repose sur la combinaison de l'utilisation de plantes et de microorganismes (champignons et/ou bactéries).
Les apports de microorganismes (bio-augmentation) sont utilisés pour rendre les polluants plus mobiles dans le sol, afin que les plantes puissent les accumuler plus rapidement dans leurs parties aériennes (c'est la phyto-extraction).
L'objectif final de tous procédés de phyto-remédiation n'est pas uniquement d'extraire le polluant du sol mais aussi de préserver  les propriétés biologiques de ce dernier, voire de les restaurer.

De nombreux travaux montrent qu'une contamination importante et durable par des métaux lourds impacte la quantité de micro-organismes ainsi que leur biodiversité dans ces sols (Wang et al, 2007 ; Epelde et al, 2010 ; Pan and Yu, 2011). Par contre, peu de données sont disponibles sur l'effet de la phyto-remédiation sur cette biodiversité (dos Santos et al, 2015).

La Ville de Nantes a découvert que certains de ses jardins familiaux, parmi lesquels le jardin des Eglantiers, étaient anormalement contaminés au plomb. Elle a réhabilité les parcelles polluées, mais en a conservé certaines en l'état à des fins d'expérimentation. Ces dernières sont notamment utilisées dans le cadre de la thèse de Dorine Bouquet "Gestion de la contamination en plomb des sols de jardins familiaux : Développement d'un système innovant associant plantes accumulatrices (phytoextraction) bioaugmentée et culture de légumes non accumulateurs"  (thèse CIFRE, Ville de Nantes). Ses travaux ont pour objectif principal de développer une méthode visant à réduire la durée de dépollution par phytoextraction (utilisation de plantes accumulant le plomb dans leurs parties aériennes) en la couplant avec la bioaugmentation, (ajout de bactéries bénéfiques mobilisant le plomb et/ou augmentant la production de biomasse végétale), tout en maintenant l'activité potagère.

Le projet mené par la Plateforme Analyses Moléculaires de l'IUT de La Roche sur Yon, vient compléter ces travaux en réalisant un suivi de l'évolution de la biodiversité microbienne au cours du temps. Il permettra ainsi de mieux appréhender les effets de la phyto-remédiation sur la biodiversité des sols.
 

Coordinateur:
Hervé Capiaux - PAM



Plateforme d'analyse moléculaires "Biodiversité-Environnement" de l'IUT de la Roche sur Yon


Laboratoire de Planétologie et de Géodynamique de Nantes

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